清華大學校友會與中國廈門市政府、北京清華大學共設「清華海峽研究院」，並於新竹的國立清華大學設立「清華海峽研究院新竹辦公室」，遭質疑被中國共產黨勢力滲透，教育部部長潘文忠表示，跨部會小組已前往清大查察，教育部鼓勵正確正常的學術交流，但前提不能牴觸法律。

教育部部長潘文忠表示，9號教育部與經濟部、陸委會組專案小組前往清大查察，發現辦公室空間在清大育成大樓5樓，由自強工業基金會向清大租賃，再轉租清華海峽研究院，並由基金會代管空間，初步研判違反兩岸人民關係條例第33條之1，將移請自強工業基金會主管機關經濟部裁罰。

至於設立清華海峽研究院新竹辦公室部分，教育部表示，可能涉違反兩岸人民關係條例40條之2，將與經濟部查證掌握事實，並請陸委會提供法律認定意見後，依法裁罰。教育部將請清大校方說明釐清與自強工業基金會、校友總會及清華海峽研究院（新竹辦公室）的產學研究合作等情形。

對於教育部將全面盤點其他學校有無類似違法情形，引來學界憂心兩岸學術交流探低點，學者的學術自由與人權將受侵害。潘部長表示，教育部從來不反對而且是鼓勵正確、正常的學術交流，但學術交流不能牴觸法律，這是前提。

他說，教育部在106、108年一直都較明確地提醒各大學應依照兩岸人民關係條例當中所允許或必要的辦理程序來進行學術交流。以此次事件來看，學校和相關的辦理主體未依兩岸人民關係條例提出申請，並與中國相關黨政軍所組成的組織來進行相關合作，教育部9號已再度函知各大學要遵守法律前提下來進行兩岸學術交流與合作，請各大學先進行自我的監控與內控。

清大重申，從未以校方立場參與或推動清華海峽研究院工作，更不可能知悉國安單位近日所稱的中共滲透情事。學校一貫清楚的原則是，支持校友發展的活動，但不參與運作。