教育部公佈高等教育深耕計畫第二期（109~111年）審查結果，中興大學核定經費為4億3582萬元，排名為國內第5，僅次於臺大、成大、清大、陽明交大。「高等教育深耕計畫」實施以來，中興大學107年獲得補助3.52億元，108年增為4.03億元，109年經費增為4.34億元，110年經費增為4.35億元。

中興大學「高教深耕計畫」的推動項目分為5大面向，包含全校性的教學創新、發展學校特色、提升高教公共性、善盡社會責任、國際重點領域等，並成立3個特色領域研究中心：前瞻植物生技研究中心、永續農業創新發展中心、鳥禽遺傳資源暨動物生技研究中心。

其中，在「善盡大學社會責任」部分，中興大學結合農業、生科、獸醫與智慧機械等強項領域，整合校內組織並連結校外資源，增加數門實作創新課程，帶動師生參與USR（大學社會責任）計畫，連兩年獲得教育部USR EXPO（大學社會實踐博覽會）重要獎項，校內現有1組深耕型計畫、1組萌芽型計畫、5組USR Hub團隊及數組種子團隊。

深耕型計畫「浪愛齊步：流浪動物減量與福祉實踐」規劃成立全臺首座流浪犬貓專用醫療室，協助解決流浪犬貓因經費不足所造成的醫療困境；萌芽型計畫「清流部落：賽德克族風華再現」規劃以綠能里山、數位鄉鎮、原鄉創生、國際價創為推動目標，串聯部落、學校，以及各界資源，打造國際永續部落，提供可供參照的模式，幫助後疫情時代的價值重建與地方創生。