大學自治是受憲法「制度性保障」(institutionelle Garantie)的核心領域(Kernbereich)之一，它是指大學本身可具備公法人資格，準於教授治校、學生自治、課程自主與行政自主等原則，來決定各個大學的發展方向。因此，相關法律僅能以形成它、保護它的方式加以規劃，且對於其自治事項之核心領域不得以法律加以侵害。

（二）大學自治的內涵，可分：

（１）行政自主：乃類似於「地方自治」的「自治」，大學應自具備公法人，從而享有自己的行政權與立法權來形成自治大學的發展特色。是以，德國學理與實務作法均賦與大學公營造物法人資格--行政法人，並以「校務基金」方式規劃大學的發展，而教育部僅能以「輔助性角色」來加以監督而已，即不得任意介入大學自治之核心領域。因此，大學法明定大學必須設置軍訓室當然違反憲法對於大學自治的核心保障。

（２）教授治校：乃指校務會議須由大學校受自主而成，決定大學政策。不惟如此，教授自治也包括學院自主、系所自主等，唯此等學院自主、系所自主等均須以學院、系所教授之共同參與而決定之。

（３）課程自主：乃基於憲法保障之「學術自由」延伸而來，重視大學教授之課程自主規劃之自由與學生選課之自由（前者謂「講學自由」；後者乃「學習自由」）。因此，早期的大學法甚且規定軍訓課為必修，則因其既非校務會議所決定，亦非教授自治所決定，而學生亦毫無選擇權可言，則當然亦有違反大學自治理念之可能。

（４）學生自治：又學生自治意涵有四，首先學生享有學習自由權，其次為社團自治，其三則為校務決策參與權（但並非全部參與），其四為學生可以選舉學生會長、學生代表等校內參政權。以學生之學習自由而言，其與學校之關係雖亦受「特別法律關係」之拘束，但學生仍應有修課的選擇自由權。以社團自治來說，則比照大學自治之受校務行政之監督，為其監督準則亦為「輔助性監督」。最後，以校務參與權與學生參政權為例，是說明學生亦有學生自治與校務自治之形成權等理念。